Tomoya Okasaki est en troisième année au lycée et est considéré comme un délinquant. Tout semble immuable dans sa vie de lycéen jusqu'à ce qu'il rencontre Nagisa.
En 2017, le Japon vit sous le joug de l'empire de Britannia. Rebaptisé "Zone Eleven", le pays subit quotidiennement la terreur de l'occupant qui réprime toute sédition.
