Quand Roland Joffé a contacté Ennio Morricone et lui a proposé de faire la musique de Mission, le compositeur a refusé. Il en avait assez soupé des productions et de la mentalité américaine et ne voulait plus travailler avec eux. Roland Joffé insiste, se serait même déplacé jusqu'en Italie avec son film sous le bras pour forcer Ennio Morricone à voir le film. A la sortie de la projection, Ennio Morricone refusa de faire le film. Pour une autre raison cette fois : il ne voyait pas comme il était possible de faire une musique suffisamment belle, suffisamment intelligente pour coller au film.

La musique de Morricone sera une des plus belles qu'il ait écrites, une des plus discrètes aussi. Elle amènera une réelle "valeur ajoutée" au film qui frôlait déjà la perfection. La réticence du compositeur n'était sans doute pas qu'une forme de respect, c'est qu'il avait sans doute compris que la musique est le coeur même du film. C'est par elle que le missionnaire réussit à prouver aux indigènes qu'il est un être cultivé. C'est par la musique que ces mêmes indigènes tenteront de montrer aux "décideurs" qu'ils sont des êtres humaines, avec une âme, et non pas une sous-race. Eux échoueront... car dans le film, ceux qui détiennent les vraies valeurs humaines et chrétiennes ne sont pas les occidentaux.

Cette musique est aussi un symbole, celui de la création artistique et il est bien difficile de ne pas imaginer dans le travail du missionnaire Jeremy Irons une métaphore de l'auteur réalisateur qui construit son œuvre, pas à pas, pièce par pièce. Comme l'auteur-réalisateur hollywoodien, il doit faire ensuite face aux financiers sans âme, uniquement motivés par l'argent et qui détruiront sans hésitation l'œuvre accomplie.

Cela dit, le film est tellement pur dans sa narration, dans ses images d'une beauté éblouissante, que l'on peut le prendre aussi au premier degré. Le rapport entre les deux personnages, le missionnaire Jeremy Irons et le guerrier Robert de Niro est très bien construit, avec un équilibre tel qu'il est difficile de dire quel est le personnage principal. L'idée géniale, c'est que Robert de Niro, personnage sans foi ni âme, devient très vite, par son excès, une interrogation permanente des valeurs du missionnaire. Il prend tellement au pied de la lettre la religion qu'il en dégage sans cesse les incohérences... Jeremy Irons quant à lui, dans le rôle du bon prêtre se révèlera être finalement un lâche en refusant de se battre, préférant une mort de martyr, sans finalement se soucier fondamentalement des indigènes...